伴随着农业现代化种植，大量的化肥、农药等慢慢渗入到土壤中，土壤遭受严重的污染。农田土壤面临的污染物主要包括无机污染物（砷，氰化物、重金属等等）、农药（包括杀虫剂、除草剂等）和多环芳烃等。所以在植物工厂内普通土壤是不受欢迎的。农众物联专家介绍：
植物工厂一般采用基质栽培、水培或者雾培的种植方式。采用现代生物工程技术，运用物理、化学、生物工程手段，进行培育。后两种方式是营养液，对营养液的成分指标的自动化控制也是保证植物工厂最小周期生产的主要手段，营养液自动化控制主要包括：液温、EC、ph、溶氧以及营养液成分的补充、营养液的循环处理。
基质栽培
固体基质栽培植物的简称。用固体基质（介质）固定植物根系，并通过基质吸收营养液和氧的一种无土栽培方式。
其优点是设备较简单、生产成本较低等。
蔬菜基质栽培技术以其省工省力、省水省肥、优质高效、环保少污染以及避免连作障碍等优点正逐渐被认可。
雾培
雾培技术又称喷雾栽培、气雾培，它是所有无土栽培技术中根系水气矛盾解决得最好的一种形式，同时它也易于自动化控制和进行体力栽培，提高温室空间的利用率。雾培蔬菜栽培，是以生产安全、营养、洁净的优质雾培蔬菜为主的高科技农业项目。
水培
水培是无土栽培的一种，分类于无基质栽培，无基质栽培类型是指植物根系生长的环境中没有基质固定根系，根系生长在营养液或含有营养液的潮湿空气中，但育苗时可能使用某些基质。水培指植物大部分根系直接生长在营养液液层中的无土栽培方式（Water Culture, Solution Culture）。
按适宜的方法配制和管理营养液，使植物在生长发育的任何时期都处于最适宜的营养液环境中，植物才能将更多的能量用于生长、开花、结果，从而获得快速、高产、优质的栽培结果。